Als 1442 der neue deutsche König Friedrich III. gekrönt wurde, überliess Zürich ihm die 1424 erworbene Grafschaft Kyburg (mit Ausnahme der Gebiete westlich der Glatt, die fortan Neuamt genannt wurden) und gewährte dem Habsburger freie Hand, den Aargau zurückzuerobern, gegen das Versprechen, das Toggenburg zu kaufen und Zürich zu übergeben.
Aus Empörung über dieses Bündnis erklärten Schwyz, Glarus und die übrigen eidgenössischen Orte Zürich und Österreich den Krieg und eroberten Bremgarten sowie Baden. Bei der Schlacht bei St. Jakob an der Sihl errangen sie einen Sieg, aber die Zürcher beharrten weiter auf ihrem freien Bündnisrecht. Die Eidgenossen dagegen verlangten den Widerruf des Bündnisses mit Österreich. Nach acht Monaten Waffenstillstand ging 1444 der Krieg weiter. Nach der Eroberung von Greifensee und der grausamen Hinrichtung der Besatzung, dem Mord von Greifensee, begann die Belagerung Zürichs. Der deutsche König bat darauf den französischen König Karl VII. um Hilfe und dieser entsandte das Heer der Armagnaken (benannt nach dem Führer Graf Bernhard von Armagnac) nach Basel. Zürich überfiel nun Brugg (AG), um den Armagnaken den Weg über die Aare freizumachen.
Darauf folgte die Schlacht bei St. Jakob an der Birs. Die Armagnaken besetzten die an der Birs liegenden Dörfer. Die Eidgenossen überwältigten eine Vorhut und stürmten darauf übermütig über den Fluss, wo sie von der französischen Hauptmacht besiegt wurden. Die Armagnaken erlitten aber ebenfalls schwere Verluste und zogen ab.
Wegen Erschöpfung beider Kriegsparteien kam es im Frühjahr 1446 zu einem vorläufigen und 1450 zum definitiven Friedensschluss. Zürich musste den Bund mit Österreich lösen und erhielt dafür seine Gebiete zurück bis auf die Höfe (Bezirk). Die umstrittene Grafschaft Uznach und die Herrschaft Windegg fielen endgültig Schwyz und Glarus als gemeine Herrschaften zu.
| Burg | Besitzer | Ausgang |
| Dübendorf, Dübelstein | (Auf Seite von Zürich) Burgherr Dübelstein | 1444 den Eidgenossen kampflos übergeben und niedergebrannt |
| Freienstein, Freienstein | (Auf Seite
von Eidgenossen) Schaffhauser Bürgers Hermann Künsch |
1443 zogen deshalb Leute aus Winterthur und Diessenhofen unter dem Kyburger Landvogt Heinrich Schwend (Auf Seite Zürich) vor die Burg und steckten ihr Schindeldach mittels Pfeilen in Brand |
| Effretikon, Moosburg | Zürcherischer Stützpunkt (Vogteisitz) | 1444 von den Eidgenossen belagert und zerstört |
| Regensberg, Regensberg | Zürcherischer Stützpunkt (Vogteisitz) | 1443 zu Pfingsten von den Eidgenossen erobert, Zürcher Vogt erstochen. Zürich verlegte aber bereits im Folgejahr wieder Truppen nach Regensberg |
| Regensdorf, Alt-Regensberg | Martin von Landenberg-Greifensee (Hält zu den Eidgenossen) | 1444 von den Zürchern niedergebrannt |
| Greifensee, Greifensee | Zürcher Landvogt Wildhans von Breitenlandenberg. | Im Mai 1444 zogen die Innerschweizer (Eidgenossen) vor die Burg. Als das Gebäude einzustürzen drohte, gab die Besatzung auf und wurde anschliessend in der berüchtigten "Blutnacht" enthauptet. Die Burg wurde verwüstet. |
| Grüningen, Grünigen | Zürcherischer Stützpunkt (Vogteisitz) | Grüningen wurde zwei Mal ohne Gegenwehr, während des Alten Zürichkrieges von den Eidgenossen besetzt |
| Bubikon, Ritterhaus | Zürcherischer Stützpunkt (Vogteisitz) | Schwyzer Truppen (Eidgenossen) beschädigten das Ritterhaus schwer. Danach wurden grössere Bauarbeiten nötig, und vermutlich als Folge des kriegerischen Ereignisses wurde die ganze Anlage nun burgartig befestigt |